En el año 2003 también clasificó a la copa, equipacion atletico de madrid 2023 pero ahora sin tanta fortuna porque quedó eliminado en cuartos de final por el Santos de Brasil; influyó de manera determinante el conflicto interno que derivó en la recisión de contratos de una buena parte del plantel. Lo más destacado de esta época fue el subcampeonato obtenido en la Copa Libertadores 2001, donde perdió la final contra Boca Juniors en serie de penaltis, logrado apenas en su primera participación.
