Sin embargo, en la siguiente campaña derrotaron a todos sus rivales en el Apertura 2012, tan solo cayendo derrotados en una ocasión se coronaron bicampeones con gol de Jorge Vargas, quien días después debutaría en el primer equipo. Momento trágico también el que sufrió la categoría sub 20 en junio de 2012, cuando el eterno rival, Municipal, le privó del ascenso a Segunda División luego de un partido caliente de ida y vuelta, los penales fueron el verdugo para el equipo dirigido por Willy Oliveira.
